يتناول قسم الاقتصاد السياسي ببرنامج اتجاهات الشرق الأوسط أشكال التفاعل بين توزيع القوة والثروة بالمنطقة متبنيا في هذا السبيل مدخلا متعدد الأبعاد يتميز بالشمول والديناميكية. ويتسع هذا الإطار التحليلي ليشمل دراسة تدفقات رأس المال والتجارة وانتقالات البشر، كونها تنتج عن ترتيبات سياسية معينة، تتأثر بها وتؤثر فيها بدورها مؤدية إلى إعادة إنتاجها أو تحولها أو انقطاعها. يستخدم قسم الاقتصاد السياسي مناهج وأدوات أكاديمية بغية إنتاج بحوث موجهة نحو حل المشكلات والخروج بتوصيات للسياسات. وتقوم في هذا الصدد بدمج تحليلي للعوامل السياسية الحاكمة على المستويات الوطنية والإقليمية وكذلك على المستوى ما دون الوطني، وذلك للإجابة على أسئلة النمو والتنمية والعدالة التوزيعية. ويربط القسم هنا بين ثراء المعلومات حول التفاصيل المحلية والمجاوزة للسياقات الوطنية وبين التطورات على المستويين الإقليمي والدولي، خاصة في ظرف تاريخي تمر به المنطقة شهد إما انهيارا كاملا لسلطة الحكومات المركزية كما هو الحال في ليبيا واليمن أو ضعفا شديدا في أداء وظائفها كما هو الحال في سوريا والعراق. ويضطلع قسم الاقتصاد السياسي بعمله هذا من خلال إنتاج ملخصات للسياسات عالية الجودة بالإضافة إلى أوراق بحثية وتقارير جنبا على جنب مع عقد موائد مستديرة ومجموعات نقاش وورش عمل من أجل تحصيل وتحليل المعلومات ولكي تتسنى فرصة لجمع تعليقات ونشر نتائج وتوصيات عمل البرنامج من خلال التواصل المستمر مع الفاعلين ذوي الصلة في أوروبا والشرق الأوسط.